Loading... # microRNA ## miRNA及相关的数据库 （1）microRNA (miRNA)是一组由基因组编码的长度约20～23个核苷酸的非编码RNA，通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或阻碍其翻译。miRNA在物种进化中相当保守，在植物、动物和真菌中发现的miRN大部分在特定的组织和发育阶段表达。 （2）miRBase数据库（[http://www.mirbase.org/](https://link.zhihu.com/?target=http%3A//www.mirbase.org/)）是存储miRNAs信息最主要的公共数据库之一，提供公布的miRNA序列及注释信息。此外，还有miRDB， miRanda， TargetScan以及miRTarBase等数据库。 ## miRNA名称和编号 ### miRNA成熟体命名规则(以动物miRNA为例) 1. 确定命名规则之前发现的miRNA，则保留原来名字，如hsa-let-7。 2. miRNA前体转录本以“mir”命名，miRNA成熟体以“miR”命名，再根据其物种名称，及被发现的先后顺序加上阿拉伯数字，如hsa-miR-122； 3. 高度同源的miRNA在数字后机上英文小写字母(a,b,c,…)，如hsa-miR-34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c等； 4. 由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA(microRNA)，则在后面加上阿拉伯数字以示区分，如hsa-miR-199a-1和hsa-miR-199a-2； 5. 通常一个miRNA前体长度大约为70~80nt，很可能两个臂分别产生miRNA(microRNA)。 ### 不同物种命名方式的差别 #### 动物： miRNA前体：以动物物种缩写+“-”+ mir+“-”+命名顺序，如hsa-mir-122； miRNA成熟链：以动物物种缩写+“-”+ miR+“-”+命名顺序，如hsa-miR-122-5p； #### 植物： miRNA前体：以植物物种缩写+“-”+ MIR+命名顺序，如ath-MIR156a。注意：MIR是大写，并与命名顺序之间没有“-”； miRNA成熟链：以植物物种缩写+“-”+ miR+命名顺序，如ath-miR156a。注意：miR是小写，并与命名顺序之间没有“-”； #### 病毒： miRNA前体：以病毒物种缩写+“-”+ mir+命名顺序，如bhv1-mir-B1； miRNA成熟链：以病毒物种缩写+“-”+ miR+命名顺序，如bhv1-miR-B1 ### 示例解读 例如，对于hsa-mir-20b，“hsa”告诉我们这是一种人类miRNA；“20”这个数字告诉我们，它是很早就发现的，是第20个被命名的家族；“20b”告诉我们，这个miRNA可能与另一个称为hsa-mir-20a的miRNA有关；“mir”告诉我们，这是一个miRNA前体，或者是基因组位点，或者是初级转录本，或者是包括前体的扩展发夹。 hsa-mir-20b有两种成熟的产物，分别是hsa-miR-20b和hsa-miR-20b\*(目前，正如你将在下面看到的，这将会改变)。“miR”告诉我们这是成熟序列，miR-20b来自于miR-20b发夹的5′臂，而miR-20b\*来自于3′臂。“\*”告诉我们miR-20b\*被认为是一个“次要”产物。这意味着细胞中miR-20b\*的浓度低于miR-20b。通常推断miR-20b\*是无功能的。 修改后命名规则中，放弃miR/miR*命名法，转而采用-5p/-3p命名法，这种方法并行地用于表达近似相等的成熟产物。可以理解为：如果没有明显的表达差异，则以“-5p”和“-3p”分别命名。如hsa-miR-122-5p和hsa-miR-122-3p，分别表明从hsa-mir-122前体的5’端臂和3’端臂加工而来的 ## 数据库中miRNA的编号和名称 miRNA前体转录本以“MI”编号，miRNA成熟体以以“MIMAT”编号。 例如，数据库中明确写到Stem-loop sequence hsa-mir-122，从Stem-loop sequence（臂环结构序列）和“mir”我们都可以判断这是一个miRNA 122的前体，在数据库中的Accession number为MI0000442。 Mature sequence hsa-miR-122-5p，从Mature sequence（成熟序列）和“miR”可以判断这是一个成熟体，而“5p”可以判断miR-122有两个成熟体；hsa-miR-122-5p在数据库中的Accession number为MIMAT0000421 最后修改：2024 年 02 月 02 日 © 允许规范转载 赞 如果觉得我的文章对你有用，请随意赞赏